我国企业所得税汇总纳税政策的发展变化大体经历了如下三个阶段——
第一个阶段是2008年之前，执行企业所得税暂行条例时的汇总纳税政策。
在这一阶段，国家税务总局先后于2001年、2002年以及2006年发布了《关于汇总（合并）纳税企业实行统一计算、分级管理、就地预交、集中清算所得税问题通知》（国税发[2001]13号）、《关于汇总合纳税企业实行计算、分级管理、就地预交、集中清算所得税问题的补充通知》（国税函[2002]226号）和《关于规范汇总合并缴纳企业所得税范围的通知》（国税函[2006]48号）三个文件。

这个阶段汇总纳税政策的主要特征是，汇总纳税实行行政审批制度，并非任何企业都可以成为汇总纳税企业，并且汇总纳税范围小，仅有5类企业集团可以执行汇总纳税政策，主要是国有企业集团和一些特殊行业的企业。

第二个阶段是2008年执行新企业所得税法之后到2012年末的汇总纳税管理政策。
自2008年起开始执行新的企业所得税制度，企业所得税法第五十条规定“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税”。为了具体落实企业所得税法中关于汇总纳税的规定，国家税务总局先后发布了《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）、《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2008]747号）和《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）等三个文件。

和第一阶段的汇总纳税政策相比，这一阶段的汇总纳税政策最大特点是不再实行审批制，而是实行法定制，相关企业只要满足企业所得税法的基本规定，即可自动采用汇总纳税的计税方式，不再需要税务机关的审批。

第三个阶段是2013年1月1日之后的汇总纳税管理政策。
为了解决第二个阶段汇总纳税政策执行过程中的诸多问题，特别是汇总纳税企业分支机构所在地税务机关税务检查权不明确的问题，2012年12月底，国家税务总局发布《关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号），将第二阶段汇总纳税政策的相关规范性文件作废，重新发布了汇总纳税管理政策。这一阶段的管理政策基本延续了第二阶段的管理政策，仅在个别征纳双方意见比较大的政策点上重新进行了明确和规定。

与第二阶段的政策相比，第三阶段的政策变化主要体现在以下两个方面：
一是根据第二阶段政策，分支机构不参加汇算清缴，补税和退税都与分支机构无关，在第三阶段，分支机构参加汇算清缴，补税额和退税额分别按照税款分摊比例在总机构和分支机构之间进行。
二是明确了分支机构所在地税务机关可以单独对该分支机构进行税务检查，查补的税款50%由总机构入库，50%在查补出税款的分支机构所在地入库。